Emergence et propagation
des multi-résistances
aux antibiotiques (EDIRA)
Notre équipe cherche à comprendre les mécanismes d’émergence et de diffusion de la multirésistance bactérienne aux antibiotiques, en particulier chez les mycobactéries, notamment Mycobacterium tuberculosis (Mtb) agent de la tuberculose, et les entérobactéries, notamment Klebsiella pneumoniae (KP).
Nous utilisons notre expertise dans différents modèles infectieux pour évaluer l’activité de nouvelles approches antibiotiques ou biologiques (telles que l’utilisation de bactériophages) capables de traiter des infections à Mtb multirésistant, ou de prévenir ou supprimer l’infection ou la colonisation par des entérobactéries multirésistantes.
De plus, nous étudions des maladies bactériennes négligées causées par des mycobactéries : l’ulcère de Buruli et la lèpre, ou par une entérobactérie : le rhinosclérome, causé par Klebsiella rhinoscleromatis.
Par ailleurs, le laboratoire héberge également le Centre National de Référence des mycobactéries.
Colonies de Klebsiella pneumoniae sur milieu Drigaslki avec phage en 3D (modèle réalisé par Victor Padilla-Sanchez)
Antibiogramme de Klebsiella pneumoniae multirésistante.
Cellules de Mikulicz (monocytes atypiques caractéristiques d’une infection par Klebsiella rhinoscleromatis)
Klebsiella pneumoniae sur milieu de culture (colorisé)
Les membres de l'équipe
Nos recherches se déclinent en 4 axes
- Mycobactéries
- Entérobactéries
- Multirésistance aux antibiotiques
- Epidémiologie
- Maladies infectieuses négligées
- Bactériophage
1. Epidémiologie de la multirésistance aux antibiotiques (MR) des entérobactéries et mycobactéries
Une meilleure compréhension de la prévalence des bactéries multirésistantes aux antibiotiques, des facteurs de risques associés et de leur épidémiologie moléculaire revêt une grande importance en terme de santé publique.
En collaboration avec des cliniciens et experts nationaux, nos travaux de recherche s’appuient sur notre participation à et/ou coordination de réseaux nationaux et internationaux de surveillance épidémiologiques et de recherche ou de cohortes cliniques (ONERBA, Centre National de Référence des mycobactéries et de la résistance des mycobactéries aux antituberculeux, AZAY-Mycobacteria, groupes mycobactéries de la Société Françasie de Microbiologie, TBnet, ESGMYC, ECDC and WHO).
Ces collaborations nous ont permis de mieux évaluer l’efficacité de nouveaux antibiotiques, comme la bédaquiline dans le traitement des tuberculoses multirésistantes. Par ailleurs nous étudions l’épidémiologie des tuberculoses en France, Europe et Asie, ainsi que celles des entérobactéries multirésistantes aux antibiotiques en France (bactéries productrices de Béta-Lactamases à spectre élargi (BLSE) ou carbapénémases), comme à l’étranger.
2. Nouvelles stratégies pour combattre la résistance aux antibiotiques des entérobactéries et mycobactéries
Parce que les infections causées par les entérobactéries (par exemple Klebsiella pneumoniae (KP)) résultent principalement d’une pré-colonisation du patient par ces bactéries, nous essayons de mieux comprendre la capacité de KP à coloniser le microbiote intestinal.
Par ailleurs, nous explorons de nouvelles approches (par exemple basées sur les bactériophages) permettant d’éliminer ces KP multirésistantes du microbiote. Nous développons également des nouveaux antibiotiques ou régimes d’antibiotiques que nous évaluons pour leur efficacité sur des modèles précliniques d’infections à mycobactéries (Mycobacterium tuberculosis, M. avium et M. abscessus) pour lesquels nous sommes reconnus.
De plus, nous développons des approches d’évolution expérimentales pour identifier de nouveaux mécanismes impliqués dans l’émergence de la multirésistance, ainsi que l’impact de l’hôte dans cette émergence.
3. Etude des mécanismes moléculaires de l’activité et la résistance aux antibiotiques chez les mycobactéries
Nous étudions les mécanismes moléculaires expliquant la résistance aux antibiotiques de M. tuberculosis (Mtb). Notre but est 1) de fournir une vision complète des Mtb multirésistants en France, 2) améliorer les tests de sensibilité aux antibiotiques et de leur prédiction par bioinformatique et 3) décoder les bases génétiques expliquant la dissémination efficace des principales lignées de TB multirésistantes.
Grâce à 1300 souches multirésistantes isolées en France, nous combinons des données de surveillance active de la résistance aux antibiotiques avec des analyses d’épidémiologie génomique et de phylogénie pour identifier les mutations impliquées dans cette résistance et les dynamiques de transmission de TB.
Parce que Mtb est une bactérie à croissance lente, nous cherchons à développer les outils de prédictions de la résistance aux antibiotiques plus rapides et qui sont essentiels pour ajuster, optimiser et personnaliser les traitements des patients.
4. Maladies infectieuses négligées : ulcère de Buruli, lèpre, rhinosclérome
Nous sommes impliqués dans l’évaluation de nouvelles thérapeutiques pour traiter des maladies infectieuses négligées causées par des mycobactéries, comme l’ulcère de Buruli ou la lèpre.
Nous étudions aussi comment les bactéries K. rhinoscleromatis, causant une maladie chronique, le rhinosclérome, et K. pneumoniae, responsable d’infections aigües, interagissent avec l’hôte et manipulent différemment sa réponse lors d’infections respiratoires. Nous nous intéressons particulièrement aux interactions avec les monocytes.
Les opportunités
- Nouvelles connaissances sur la résistance aux antibiotiques, et sur de nouvelles cibles antimicrobiennes.
- Développer des approches de recombinaison génétique pour comprendre les mécanismes impliqués dans la transmission de la tuberculose.
- Approches et consortium multidisciplinaires impliquant cliniciens, microbiologistes, bio informaticiens et épidémiologistes, en partenariat avec des réseaux nationaux, européens et les industries pharmaceutiques.
Les publications
Bedaquiline Activity against Leprosy. N Engl J Med. 2025 Jun 5;392(21):2174-2176. https://doi.org/10.1056/nejmc2412487
Evaluation of the role of whiB6 and kdpDE in the dominant multidrug-resistant clone Mycobacterium tuberculosis B0/W148. Bonnet I, Orgeur M, Brossier F, Sayes F, Frigui W, Madacki J, Varet H, Chauffour A, Aubry A, Veziris N, Sougakoff W, Brosch R, Tournebize R. Microbiol Spectr. 2025. 13:e0322424. https://doi.org/10.1128/spectrum.03224-24
Oral Regimens for Rifampin-Resistant, Fluoroquinolone-Susceptible Tuberculosis. Guglielmetti L, Khan U, Velásquez GE, Gouillou M, Abubakirov A, Baudin E, Berikova E, Berry C, Bonnet M, Cellamare M, Chavan V, Cox V, Dakenova Z, de Jong BC, Ferlazzo G, Karabayev A, Kirakosyan O, Kiria N, Kunda M, Lachenal N, Lecca L, McIlleron H, Motta I, Toscano SM, Mushtaque H, Nahid P, Oyewusi L, Panda S, Patil S, Phillips PPJ, Ruiz J, Salahuddin N, Garavito ES, Seung KJ, Ticona E, Trippa L, Vasquez DEV, Wasserman S, Rich ML, Varaine F, Mitnick CD; endTB Clinical Trial Team. N Engl J Med. 2025. 392:468-482. https://doi.org/10.1056/nejmoa2400327
Characterization of the Orphan Cytochrome P450 CYP135B1 from Mycobacterium tuberculosis: Involvement in Metabolism but Not in the Antibacterial Activity of the Antitubercular Drug SQ109. Sadowski E, Pietrancosta N, Veyron-Churlet R, Boucher JL, Pionneau C, Clodic G, Matheron L, Poch O, Mayer C, Sachon E, Aubry A. ACS Infect Dis. 2025 ; 11:869-881. https://doi.org/10.1021/acsinfecdis.4c00893
Levofloxacin activity at increasing doses in a murine model of fluoroquinolone-susceptible and -resistant tuberculosis. Maitre T, Godmer A, Mory C, Chauffour A, Mai TC, El Helali N, Aubry A, Veziris N. Antimicrob Agents Chemother. 2024; 68:e0058324. https://doi.org/10.1128/aac.00583-24
Contribution of MALDI-TOF mass spectrometry and machine learning including deep learning techniques for the detection of virulence factors of Clostridioides difficile strains. Godmer A, Giai Gianetto Q, Le Neindre K, Latapy V, Bastide M, Ehmig M, Lalande V, Veziris N, Aubry A, Barbut F, Eckert C. Microb Biotechnol. 2024 ; 17:e14478. https://doi.org/10.1111/1751-7915.14478
Overall Structures of Mycobacterium tuberculosis DNA Gyrase Reveal the Role of a Corynebacteriales GyrB-Specific Insert in ATPase Activity. Petrella S, Capton E, Raynal B, Giffard C, Thureau A, Bonneté F, Alzari PM, Aubry A*, Mayer C* (*co-last authors). Structure, 2019; 27:579-589.e5. https://doi.org/10.1016/j.str.2019.01.004
Fully weekly antituberculosis regimen: a proof-of-concept study. Kort F, Fournier Le Ray L, Chauffour A, Jarlier V, Lounis N, Andries K, Aubry A, Guglielmetti L, Veziris N (2020). Eur Respir J 56:1902502 . https://doi.org/10.1183/13993003.02502-2019
Targeting the Mycobacterium ulcerans cytochrome bc1:aa3 for the treatment of Buruli ulcer. Scherr N, Bieri R, Thomas SS, Chauffour A*, Kalia NP, Schneide P, Ruf M-T, Lamelas A, Manimekalai MSS, Grüber G, Ishii N, Suzuki K, Tanner M, Moraski GC, Miller MJ, Witschel M, Jarlier V, Pluschke G, Pethe K. 2018. Nat Commun 9:5370 . https://doi.org/10.1038/s41467-018-07804-8 (*: co first authors)
Rifampicin and clarithromycin (extended Release) versus rifampicin and streptomycin for limited Buruli ulcer lesions: a randomized, open-label, non-inferiority phase 3 trial. R. O. Phillips, J. Robert, K M. Abass, W. Thompson, FS. Sarfo, T. Wilson, G. Sarpong, T. Gateau, A. Chauty, R. Omollo, M. Ochieng Otieno, TW. Egondi, E O Ampadu, D. Agossadou, E. Marion, L. Ganlonon, M. Wansbrough-Jones, J. Grosset, J. M Macdonald, T. Treadwell, P. Saunderson, A. Paintsil, L. Lehman, M. Frimpong, F. Nanaa Sarpong, R. Saizonou, A. Tiendrebeogo, SA Ohene, Y. Stienstra, K. B Asiedu, T. van der Werf. 2020. Lancet 2020;395 :1259-1267.https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30047-7